La electroforesis salival es un método de análisis de la saliva que consiste en la separación de moléculas proteicas basada en la migración de estas según su carga en un campo eléctrico. Las proteínas salivales humanas tienen una amplia gama de propiedades funcionales y por sus diferentes características, la electroforesis permite separarlas, para posteriormente ser identificadas y medida sus concentraciones. Las proteínas están relacionadas con la respuesta inmune y las defensas de la cavidad oral como la lisozima, lactoferrina, lactoperoxidasas, inmunoglobulinas, aglutininas y mucinas que participan en la protección de los tejidos bucales y en la eliminación de bacterias como las histatinas y defensinas.

La relevancia en analizar las variaciones existentes en la composición proteica de la saliva en el manejo del paciente con boca seca está siendo cada vez más fundamentada de modo a comprender la sintomatología individual de cada paciente y poder diagnosticar mejor. Se están descubriendo los cambios en el contenido proteico salival asociados al envejecimiento normal y grupo etario, estado de salud, medicación, entre otros factores.

Se han identificado cerca de trescientos tipos de proteínas en la saliva a través de diversos métodos como la cromatografía líquida electroforesis en gel y capilar, la resonancia nuclear magnética, espectrofotometría de masas, radioinmunoensayo, ELISA, etc.

La concentración de proteínas en la saliva es de aproximadamente 300 mg por 100 ml, siendo más significativa en la secreción parotídea. Mediante electroforesis se han aislado más de 40 factores antimicrobianos proteicos, entre los cuales se encuentran las glucoproteínas, amilasas, inmunoglobulinas, lipasas, peroxidasas, lactoferrina y lisozima.